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Gestalten Sie mit uns die Zukunft der Herz-Kreislauf-Forschung

Das Labor für Experimentelle Kardiologie am Universitätsklinikum Leipzig untersucht die molekularen und zellulären Mechanismen, die kardiovaskulären Erkrankungen zugrunde liegen. Unser Ziel ist es, wissenschaftliche Erkenntnisse in bedeutende Fortschritte für die Patientenversorgung zu überführen. Aktuell ist unten eine offene Stelle ausgeschrieben. Grundsätzlich freuen wir uns jederzeit über den Austausch mit neugierigen, motivierten und qualifizierten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern, die daran interessiert sind, unser Team in Zukunft zu verstärken.

Wenn Sie Kontakt aufnehmen möchten, senden Sie bitte eine einzelne PDF-Datei an Jes-Niels Boeckel mit folgenden Unterlagen:

  • Motivationsschreiben
  • Lebenslauf
  • Kopien akademischer Abschlüsse
  • Publikationsliste und relevante Forschungskompetenzen

Wir begrüßen zudem Kooperationen mit Kolleg*innen anderer Einrichtungen, die unsere Leidenschaft für die kardiovaskuläre Forschung teilen.

Derzeit suchen wir motivierte Studenten, die unser Team als studentische Hilfskräfte (SHK) im Bereich Bioinformatik verstärken möchten.

Ausschreibung: Studentische Hilfskraft (SHK) – Bioinformatik / Informatik

Die Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Boeckel an der Universität Leipzig sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine studentische Hilfskraft (SHK) im Bereich bioinformatische Datenanalyse.

Beginn:           ab sofort
Arbeitszeit:      flexibel nach Absprache
Vergütung:      SHK-Basis nach geltendem Uni-Tarif
Arbeitsort:       Max-Bürger-Forschungszentrum, Johannisallee 30

ÜBER DIE ARBEITSGRUPPE

Unsere Arbeitsgruppe beschäftigt sich mit molekularen und transkriptomischen Mechanismen vaskulärer und immunologischer Prozesse. Ein Schwerpunkt liegt auf der Analyse von Single-Cell- und Bulk-RNA-Sequenzierungsdaten.

IHRE AUFGABEN

  • Bioinformatische Auswertung von Single-Cell RNA-Sequenzierungsdaten
    • Verarbeitung von Cell Ranger Outputs
    • Analyse und Integration von Datensätzen mit Seurat (R)
    • Zelltypannotation (Marker-basiert, SingleR)
    • Visualisierung (FeaturePlot, DotPlot, VlnPlot)
  • Analyse von Bulk RNA-Sequenzierungsdaten
    • Qualitätskontrolle, Normalisierung und statistische Auswertung in R
    • Arbeit mit Count-Daten (TPM, TMM, FPKM)
  • Analyse von DNA-Sequenzierungsdaten
    • Alignment, Variant Calling (GATK Best Practices), Basisdatenaufbereitung
  • Auswertung von ChIP-seq-Daten
    • Read Alignment (Bowtie2), Peak Calling (Homer)
    • Differenzielle Peak-Analysen, Track-/bigWig-Erstellung (deepTools)
  • Analyse von RIP-seq-Daten und Protein-RNA-Interaktionen
  • circRNA-Analysen (z. B. mit circBase)
  • RNA-Editing-Analysen (z. B. RNAEditor, IGV)
  • Spatial Transcriptomics (Visium, Space Ranger, BayesSpace)
  • Mitarbeit bei der grafischen Aufbereitung und Dokumentation der Ergebnisse

IHR PROFIL

  • Aktuelle Immatrikulation in Informatik, Bioinformatik oder einem verwandten Studiengang
  • Bevorzugt höheres Fachsemester
  • Sehr gute Kenntnisse in R, idealerweise Erfahrung mit:
    • Seurat, tidyverse / ggplot2
    • Statistischer Datenanalyse
  • Grundverständnis von NGS-Daten (RNA-seq, scRNA-seq, ggf. DNA-seq)
  • Strukturierte und selbstständige Arbeitsweise
  • Sehr gute Deutschkenntnisse (C2-Niveau) oder Deutsch als Muttersprache
  • Zuverlässigkeit und Interesse an wissenschaftlicher Forschung

WIR BIETEN

  • Mitarbeit an aktuellen, publikationsnahen Forschungsprojekten
  • Vertiefte praktische Erfahrung in moderner Transkriptomik und Bioinformatik
  • Flexible Arbeitszeiten, gut mit dem Studium vereinbar
  • Einbindung in eine aktive, interdisziplinäre Forschungsumgebung
  • Langfristige Zusammenarbeit möglich

KONTAKT UND BEWERBUNG

Bitte senden Sie Ihre Bewerbung (Lebenslauf, ggf. Leistungsübersicht) per E-Mail an:  Jes-Niels Boeckel

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