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Shape the Future of Cardiovascular Research With Us

The Laboratory for Experimental Cardiology at the University Hospital Leipzig investigates the molecular and cellular mechanisms underlying cardiovascular diseases. Our goal is to transform scientific discoveries into meaningful advances for patient care. At the moment, we have one open position listed below. Generally, we are always happy to connect with curious, motivated, and skilled scientists who are interested in joining our group in the future.

If you’d like to get in touch, please send a single PDF file to Jes-Niels Boeckel including your:

  • motivation letter
  • CV
  • copies of academic degrees
  • list of publications and research skills

We also value collaborations with colleagues from other institutions who share our passion for cardiovascular research.

Currently, motivated students are being sought to join our team as a student assistant (SHK) in bioinformatics.

Ausschreibung: Studentische Hilfskraft (SHK) – Bioinformatik / Informatik

Die Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Boeckel an der Universität Leipzig sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine studentische Hilfskraft (SHK) im Bereich bioinformatische Datenanalyse.

Beginn:           ab sofort
Arbeitszeit:      flexibel nach Absprache
Vergütung:      SHK-Basis nach geltendem Uni-Tarif
Arbeitsort:       Max-Bürger-Forschungszentrum, Johannisallee 30

ÜBER DIE ARBEITSGRUPPE

Unsere Arbeitsgruppe beschäftigt sich mit molekularen und transkriptomischen Mechanismen vaskulärer und immunologischer Prozesse. Ein Schwerpunkt liegt auf der Analyse von Single-Cell- und Bulk-RNA-Sequenzierungsdaten.

IHRE AUFGABEN

  • Bioinformatische Auswertung von Single-Cell RNA-Sequenzierungsdaten
    • Verarbeitung von Cell Ranger Outputs
    • Analyse und Integration von Datensätzen mit Seurat (R)
    • Zelltypannotation (Marker-basiert, SingleR)
    • Visualisierung (FeaturePlot, DotPlot, VlnPlot)
  • Analyse von Bulk RNA-Sequenzierungsdaten
    • Qualitätskontrolle, Normalisierung und statistische Auswertung in R
    • Arbeit mit Count-Daten (TPM, TMM, FPKM)
  • Analyse von DNA-Sequenzierungsdaten
    • Alignment, Variant Calling (GATK Best Practices), Basisdatenaufbereitung
  • Auswertung von ChIP-seq-Daten
    • Read Alignment (Bowtie2), Peak Calling (Homer)
    • Differenzielle Peak-Analysen, Track-/bigWig-Erstellung (deepTools)
  • Analyse von RIP-seq-Daten und Protein-RNA-Interaktionen
  • circRNA-Analysen (z. B. mit circBase)
  • RNA-Editing-Analysen (z. B. RNAEditor, IGV)
  • Spatial Transcriptomics (Visium, Space Ranger, BayesSpace)
  • Mitarbeit bei der grafischen Aufbereitung und Dokumentation der Ergebnisse

IHR PROFIL

  • Aktuelle Immatrikulation in Informatik, Bioinformatik oder einem verwandten Studiengang
  • Bevorzugt höheres Fachsemester
  • Sehr gute Kenntnisse in R, idealerweise Erfahrung mit:
    • Seurat, tidyverse / ggplot2
    • Statistischer Datenanalyse
  • Grundverständnis von NGS-Daten (RNA-seq, scRNA-seq, ggf. DNA-seq)
  • Strukturierte und selbstständige Arbeitsweise
  • Sehr gute Deutschkenntnisse (C2-Niveau) oder Deutsch als Muttersprache
  • Zuverlässigkeit und Interesse an wissenschaftlicher Forschung

WIR BIETEN

  • Mitarbeit an aktuellen, publikationsnahen Forschungsprojekten
  • Vertiefte praktische Erfahrung in moderner Transkriptomik und Bioinformatik
  • Flexible Arbeitszeiten, gut mit dem Studium vereinbar
  • Einbindung in eine aktive, interdisziplinäre Forschungsumgebung
  • Langfristige Zusammenarbeit möglich

KONTAKT UND BEWERBUNG

Bitte senden Sie Ihre Bewerbung (Lebenslauf, ggf. Leistungsübersicht) per E-Mail an:  Jes-Niels Boeckel

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