Datensätze & Tools
Bioinformatik & Forschungsdaten
Ein zentraler Bestandteil unserer Forschung ist die bioinformatische Analyse. Wir arbeiten mit Bulk RNA-seq, Single-Cell RNA-seq (scRNA-seq) und Single-Nuclei RNA-seq (snRNA-seq), um Genexpressionsregulation, Immunzell-Dynamik und RNA-vermittelte Mechanismen in kardiovaskulären Erkrankungen zu untersuchen.
Wir haben www.ircas.eu als frei zugängliche Plattform eingerichtet, auf der unsere scRNA-Seq-Daten von peripheren mononukleären Blutzellen (PBMCs) von Patienten mit akutem Myokardinfarkt und kardiogenem Schock zur Verfügung stehen. Die Website umfasst ein interaktives, benutzerfreundliches Analyse-Tool, mit dem Forscher den Zustand von Immunzellen und regulatorische Signalwege in diesem kritischen klinischen Zustand untersuchen können.
Weitere Datensätze stehen ebenfalls zum kostenlosen Download über Gene Expression Omnibus (GEO) zur Verfügung und unterstützen damit Reproduzierbarkeit und Initiativen für offene Wissenschaft:
Circulating immune cell signature analysis in HFpEF across species
Diese SuperSeries stellt eine umfassende, speziesübergreifende Transkriptom-Ressource bereit, um die Fehlregulation zirkulierender Immunzellen bei der Herzinsuffizienz mit erhaltener Ejektionsfraktion (HFpEF) zu untersuchen. Sie umfasst:
- scRNA-seq von peripheren mononukleären Blutzellen (PBMCs) aus einem translationalen HFpEF-Mausmodell
- Bulk-RNA-seq von PBMCs aus demselben HFpEF-Mausmodell
- Bulk-RNA-seq von humanen PBMCs nach Behandlung mit IL-1β und der elektrophilen Fettsäure NO₂-OA
Gemeinsam ermöglichen diese Datensätze die Identifikation einer konservierten, HFpEF-assoziierten Immunsignatur über Speziesgrenzen hinweg und liefern mechanistische Einblicke in entzündliche Signalwege, die für die Pathophysiologie der HFpEF von Bedeutung sind.
Species:
Material: PBMCs
Sample#: 39
Novel Long Noncoding RNA HEAT4 Affects Monocyte Subtypes, Reducing Inflammation and Promoting Vascular Healing
Diese SuperSeries vereint umfangreiche Sequenzierungsdatensätze zur Charakterisierung der Funktion der humanspezifischen lncRNA HEAT4 in Monozyten und zirkulierenden Immunzellen. Sie umfasst:
- scRNA-seq von PBMCs aus Patienten und gesunden Kontrollpersonen
- scRNA-seq von Monozyten mit und ohne HEAT4-Überexpression
- Bulk-RNA-seq nach HEAT4-Überexpression und -Knockdown in primären humanen Monozyten
- RIP-seq zur Identifikation von S100A9-assoziierten lncRNAs in humanen Monozyten
- ChIP-seq von S100A9 in humanen Monozyten mit und ohne HEAT4-Überexpression, kombiniert mit IL-10-Stimulation, zur Analyse der transkriptionellen Regulation
Species:
Material: PBMCs/ monocytes
Sample#: 53
Rubella virus infection in endothelial cells reduces angiogenesis via interferon beta-induced CXCL10
Dieser Datensatz umfasst Bulk-RNA-seq von humanen Nabelschnurvenen-Endothelzellen (HUVECs), die mit dem Rötelnvirus (Rubella virus, RuV) infiziert wurden. RuV löst eine starke Typ-I/III-Interferonantwort mit ausgeprägter Hochregulation von CXCL10 aus, was zu einer beeinträchtigten endothelialen Angiogenese führt. Um den Beitrag der Interferon-Signalübertragung gezielt zu untersuchen, wurden Endothelzellen zusätzlich mit IFN-β, IFN-λ1 oder einer Kombination aus Beiden behandelt und anschließend mittels RNA-seq analysiert. Die Daten identifizieren einen durch IFN–CXCL10 vermittelten Signalweg als zentralen Mechanismus der endothelialen Dysfunktion während der RuV-Infektion und weisen auf potenzielle therapeutische Zielstrukturen im Kontext des kongenitalen Rötelnsyndroms hin.
Species:
Material: HUVECs
Sample#: 19
Leptin treatment has vasculo-protective effects in lipodystrophic mice
Dieser Datensatz umfasst scRNA-seq-Analysen von humanen Nabelschnurvenen-Endothelzellen (HUVECs) und untersucht, wie Leptin die endothelial-mesenchymale Transition (EndMT) beeinflusst. Die Daten zeigen, dass Leptin der mit EndMT verbundenen entzündlichen Aktivierung entgegenwirkt, die Expression mesenchymaler Gene reduziert und die Integrität der endothelialen Barriere erhält. Diese transkriptionellen Veränderungen stehen im Einklang mit in-vivo-Befunden, die zeigen, dass Leptin in lipodystrophen, atheroskleroseanfälligen Mausmodellen vaskuläre Entzündung, Makrophagenakkumulation und EndMT vermindert. Damit wird Leptin als vaskuloprotektiver Regulator identifiziert, der seine Wirkung unter anderem über die Suppression von GDF15 entfaltet.
Species:
Material: HUVECs
Sample#: 3
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Entdecken Sie, wie unsere Datensätze die laufenden Projekte in RNA-Biologie, immun-vaskulären Interaktionen und kardiometabolischen Erkrankungen unterstützen.
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